Et pourtant le Collegium Societatis Jesu, tandis que les élèves – et avec eux le Parlement de Paris – le désignent sous le nom de collège de Clermont, rencontre dès sa création de nombreux obstacles.
En effet, par une originalité surprenante au XVIe siècle, le nouveau collège a décidé de donner à ses externes un enseignement gratuit. « L’enseignement », déclarent les pères, « est une forme de charité, et il ne faut pas en exclure les pauvres ».
Le résultat est immédiat : on accuse les jésuites de dépeupler les collèges de l’université de Paris. Dès 1564, le Recteur Jean Prévot défend aux pères de rouvrir le collège ; un procès s’engage, dont s’occupe tout le royaume.
En attendant une conclusion qui ne vient pas, les jésuites reçoivent l’autorisation provisoire d’enseigner : un provisoire qui va durer trente ans, et qui va permettre au collège de Clermont de rayonner d’un éclat toujours plus vif.
En 1594, cependant, le roi Henri IV est frappé d’un coup de couteau par Jean Châtel, et l’on découvre rapidement que l’auteur de ce geste a été autrefois élève du collège de Clermont.
Malgré les vives protestations de Jean Châtel lui-même, on s’empresse de rendre les jésuites responsables de son crime. Ses anciens professeurs, les pères Guéret et Hay sont condamnés au bannissement perpétuel ; le professeur de théologie scolastique, le père jean Guignard, bibliothécaire, est pendu, puis brûlé en place de Grève. Les autres pères sont exilés, leur collège mis sous séquestre, les biens et meubles vendus.
Neuf ans plus tard, le roi accorde aux jésuites l’autorisation régulière et définitive de vivre en France.
En 1606, ils peuvent reprendre possession de leur collège de la rue Saint-Jacques, mais à condition de ne pas y enseigner.
Puis ils reçoivent l’autorisation de donner un cours de théologie par semaine. Enfin, des lettres patentes du 20 août 1610 accordent au Collège de Clermont le droit de donner toutes sortes d’enseignements. Fureur et protestations indignées de l’université de Paris: « allait-elle » s’écria le recteur « en être réduite à demander l’aumône aux portes de Clermont ?».

Une action vigoureuse est menée auprès du Parlement de Paris, qui, dans un arrêt en date du 22 décembre 1611, interdit aux jésuites d’enseigner à Paris : il faudra attendre le 15 février 1618 pour que soit enfin autorisée, conformément aux lettres patentes de 1610, la réouverture du collège.
Dès lors, bénéficiant de la protection officieuse du roi, le collège de Clermont s’achemine, de 1618 à 1682, vers son apogée.
En 1656 et 1660, les effectifs du collège de Clermont s’accroissent de façon vertigineuse : deux mille élèves dont trois cents pensionnaires e praecipua nobilitate regni en 1620 ; deux mille cinq cents vers 1640.
Parmi les noms des élèves, on relève ceux des princes du sang, et tous les grands noms de l’armorial de France : Bourbon, Condé, Guise, Joyeuse, Lorraine, La Trémoille, Montmorency, Croy, la Tour d’Auvergne, Breteuil, Brienne, Clermont-Tonnerre, Nemours, Noailles, Polignac, Richelieu.
En 1674, le roi Louis XIV rend au collège une visite officielle et fait don d’une toile de Jouvenet : « La Famille de Darius aux pieds d’Alexandre » (ce tableau se trouve toujours aujourd’hui dans le bureau du proviseur).
En 1682, le collège parvient à la consécration suprême ; le Roi-Soleil lui accorde son patronage officiel : l’établissement reçoit le nom de Collegium Ludovici Magni, « Collège de Louis-le-Grand ».
Dès lors, l’établissement, bien qu’il n’ait encore jamais été agréé par l’Université de Paris, donne un enseignement prestigieux et réputé à trois mille élèves, dont cinq cents pensionnaires, et étend son rayonnement « aux limites du monde ». Depuis sa création, en effet, le collège a établi cette tradition d’ouverture au monde qui s’est maintenue au cours des siècles : un dixième au moins de ses effectifs a toujours représenté le « reste du monde ».

Les lettres patentes du 21 novembre 1763, consacrent Louis-le-Grand « chef-lieu de l’Université ».
Le recteur s’y installe, et les professeurs émérites de l’Université prennent possession de plusieurs logements.
Tous les boursiers des petits collèges de Paris sont alors rassemblés à Louis-le-Grand, et le roi Louis XV devient le second fondateur du collège : l’établissement obtient de mettre sur son sceau les armes royales, d’azur aux trois fleurs de lis d’or. Sur la grande porte sont désormais sculptées les effigies de Louis XIV et de Louis XV, collegii fundatores augusti.
Bien qu’il partage avec le Recteur les vastes locaux de la rue Saint-Jacques, le nouveau principal décide d’entreprendre une véritable révolution pédagogique qui va relancer la guerre avec l’Université.
En 1766, il institue le concours de l’agrégation, qui est essayé d’octobre à décembre à Louis-le-Grand.
Allant plus loin encore, il organise dans les locaux du collège royal une « École normale », préparant à l’agrégation (et c’est ainsi qu’avant de s’installer rue d’Ulm, l’École normale supérieure fonctionnera pendant plus de quatre-vingts ans à Louis-le-Grand).
Ulcérée par ce nouvel attentat contre ses franchises séculaires, l’Université se déchaîne en une guerre de douze années, avant de rendre les armes en 1778.
Pendant ce temps, le collège traverse victorieusement toutes les campagnes menées contre lui devant l’opinion ; le nombre de boursiers passe de 465 en 1781, à 494 en 1788, puis 550 en 1789.
C’est ainsi que le jeune Robespierre, entré en qualité de boursiers à l’âge de onze ans, quittera le collège à vingt-trois ans, muni de son diplôme d’avocat et récompensé pour ses brillantes études par un prix exceptionnel de 600 livres.

C’est ici l’occasion d’évoquer de nouveau la curieuse destinée de Maximilien Robespierre. Lors de ses brillantes études effectuées grâce à une bourse obtenue par l’évêque d’Arras, le jeune Robespierre avait eu l’honneur d’être choisi pour accueillir le roi Louis XVI et la reine, à la porte du collège, et pour leur adresser, un genou en terre, une allocution de bienvenue.
Dès le début de la Révolution, tous les collèges de Paris avaient été fermés, à la seule exception du collège Egalité. En 1797, il devient « Institut central des boursiers », et tout ce qui reste des quarante collèges parisiens de l’Ancien Régime y est regroupé.
L’Institut devient en 1798 le « Prytanée Français ».
Et en 1801, prenant à son tour le chemin suivi par Louis XIV, Louis XV et Louis XVI, le Premier Consul, Napoléon Bonaparte, rend visite au Prytanée, que l’on appelait plus couramment depuis 1800, le « collège de Paris ». En 1802, sur proposition du ministre de l’intérieur Chaptal, l’établissement reçoit le titre de « lycée de Paris ». Premier établissement en France à recevoir ce titre de lycée, il devient en 1805, le « Lycée impérial ».
Désormais, les appellations vont se modifier au rythme des secousses de l’histoire de France : « lycée Louis-le-Grand » à la première Restauration, l’établissement redevient « collège royal de Louis-le-Grand » à la seconde Restauration. La préposition qui semblait faire du collège la propriété exclusive du Roi-Soleil disparaît en 1831.
Les journées de 1848 font disparaître à son tour l’adjectif « royal », puis reparaître le titre de « lycée ». Un bref moment, élèves et maîtres demandent à la jeune et éphémère République de baptiser leur établissement « lycée national ». Ils ne sont pas écoutés ; on préfère à cette appellation le nom de « lycée Descartes ».
Dès 1849, cependant, un arrêté ministériel rétablit l’ancien titre : « lycée Louis-le-Grand ». Le Second Empire apportera sa petite touche personnelle, et fera de l’établissement le « lycée impérial Louis-le-Grand ».
Rebaptisé par l’autorité municipale, de 1870 à 1873, « lycée Descartes », l’établissement de la rue Saint-Jacques redevient enfin, et définitivement, « lycée Louis-le-Grand » en mars 1873.
Sur le plan matériel, la vieille maison qui ne renonçait jamais à s’étendre avait réussi tout au long du XIXe siècle à annexer progressivement le collège des Cholets et le collège du Plessis, où avaient été installées l’École normale supérieure (jusqu’en 1849), puis l’École d’Administration, préfiguration de l’ENA.

Restait à donner à la rue Saint-Jacques, une allure moins moyenâgeuse, et à introduire l’indispensable unité dans un assemblage disparate de locaux vétustes et de courettes disséminées.
De 1885 à 1893, autour d’un noyau historique fidèlement conservé (tour du cadran solaire et tour du belvédère), le lycée Louis-le-Grand est entièrement reconstruit.
Si on a longuement insisté sur les innombrables changements de nom de l’établissement, c’est pour rendre plus évidente encore l’importance qu’il a gardée à travers les siècles pour les rois, les républiques, les empereurs, la Commune de Paris. Louis-le-Grand semble bien avoir toujours été considéré comme un symbole.
L’histoire matérielle traduit aussi certaines de ces caractéristiques : un goût affirmé pour l’expansion et la double volonté de moderniser, avec méthode et de façon fonctionnelle, mais aussi de maintenir intacte la présence, l’âme du passé.